Regionalgeschichte an der ehemaligen Landesuniversität Mecklenburgs in Rostock wird hier primär als Mecklenburgische Landesgeschichte erforscht und gelehrt. Nicht zuletzt seit dem Landesjubiläum im Jahre 1995 wird Mecklenburg verstärkt auch als europäische Region verstanden und wahrgenommen. Seine Geschichte im engeren Sinne reicht vom Ende der Slawenzeit im 12. Jahrhundert bis in die Gegenwart als Teil des Bundeslandes Mecklenburg-Vorpommern. Neben der heute politisch bedingten, jedoch auch historisch gegebenen engen Verbindung zu Vorpommern und derjenigen zu anderen Nachbarn im Süden (Mark Brandenburg) und Westen (Holstein, Lauenburg, Lübeck und Hamburg) kommt historisch den Kontakten mit Nordeuropa eine besondere, im Laufe der Jahrhunderte sich vielfach wandelnde Bedeutung zu.

Wichtiger noch als wechselnde machtpolitische Bestrebungen, wie etwa die „Nordische Politik“ der mecklenburgischen Herzöge, die Ostseepolitik der dänischen und schwedischen Könige oder die Episode der Wallensteinschen Herrschaft, erweisen sich hierbei generell personen- und familiengeschichtliche Verbindungen des mecklenburgischen Fürstenhauses, des mecklenburgischen Adels, von Gelehrten und Stadtbürgern, letztere verdichtet in der Geschichte Rostocks als einer der bedeutendsten Hansestädte und lange Zeit als der Universität der Hanse. Hierfür stehen beispielsweise der dänische Astronom Tycho de Brahe sowie der schwedische Reichskanzler Axel Oxenstierna als Rostocker Studenten oder die dänische Königin Sophia und deren Sohn, König Christian IV., als Sprösslinge des mecklenburgischen Herzogshauses.
Dementsprechend konzentriert sich die regionalgeschichtliche Forschung an der Universität Rostock einerseits auf Aspekte, die einen überregionalen Charakter besitzen und andererseits auf die historische Komplexität einer Region, die im modernen Verständnis weit mehr oder sogar etwas völlig anderes als eine politisch-staatliche Einheit darstellen kann.
Hierzu zählen etwa der Stellenwert der Slawenzeit und das deutsch-slawische Verhältnis, die frühneuzeitliche Transformation vom hoch- und spätmittelalterlichen „Bauernland“ zum „Land der großen Güter“, die Bedeutung des Adels zwischen einer der ältesten Fürstendynastien und norddeutscher „Adelsrepublik“, die Sozialstruktur größerer Städte sowie die Universitätsgeschichte.